In drei Hauptfachabteilungen mit neun Fachbereichen werden im Mariannen-Hospital bei einer Kapazität von 138 Betten jährlich etwa 5.300 Patienten stationär umfassend versorgt. Hinzu kommt die ambulante Versorgung von rund 20.000 Patienten im Jahr. Zudem wird die Notfallversorgung der Stadt Werl und der umliegenden Region vom Krankenhaus aus geleistet.

Der überwiegende Anteil der rund 320 Beschäftigten ist in den Kernbereichen Medizin und Pflege tätig. Weitere Arbeitsbereiche sind die Verwaltung, Technik und Hauswirtschaft.